Prof. Bauer ist seit 1990 am Institut für Organisation der Johannes Kepler Universität in der betriebswirtschaftlichen Forschung und Lehre tätig. Seine Forschungsgebiete sind Innovation (Kreativprozesse, betriebliches Innovationsmanagement, Design Thinking, regionale Innovations-Ökosysteme) sowie digitale Plattformen und Crowds (digitale Plattformen als neue Organisationsform, plattform-basierte, digitale Crowds, Management digitaler Transformationen). Seine Forschungsergebnisse werden auf internationalen Konferenzen präsentiert und erscheinen in renommierten Fachzeitschriften des deutschsprachigen und nordamerikanischen Raums.